中国自然科学博物馆协会下设14个分支机构，日常办公机构为协会秘书处。 

一、专业委员会：

1 自然史博物馆专业委员会

2 科技馆专业委员会

3 天文馆专业委员会

4 水族馆专业委员会

5 专业科技博物馆委员会

6 自然保护区专业委员会

二、 工作委员会：

 7 科普工作委员会

 8 组织工作委员会

 9 外事工作委员会

10 理论专业委员会

11 宣传出版工作委员会

12 教育工作委员会

13 技术专业委员会

14 咨询工作委员会